پل خواجو با طولی حدود 133 متر و عرض 12 متر، شامل دو طبقه با مجموعه‌ای از آرک‌ها و طاق‌های متعدد است که معماری آن ترکیبی از زیبایی، کارایی و ابتکار را نشان می‌دهد. این پل دارای 24 چشمه (دالان) است که در دوره‌هایی از سال به دلیل کاهش جریان آب، برخی از این چشمه‌ها خشک می‌شوند.

یکی از جذاب‌ترین ویژگی‌های پل خواجو، سرای میانی آن است که به عنوان پاویون شاهی شناخته می‌شود. این بخش که در مرکز پل واقع شده، مکانی بوده برای استراحت شاه و مهمانان ویژه. طراحی داخلی سرای میانی با کاشی‌کاری‌های زیبا، نقاشی‌ها و تزئینات ظریف، نمونه‌ای بارز از هنر دوره صفویه است.